Kostel Santa Maria Maggiore byl v Assisi katedrálou až do dvacátých let 11. století, kdy byla postavena katedrála sv. Rufina. Současná podoba kostela pochází z přestavby po požáru mezi roky 1212 a 1218. s kostelem sousedí budova biskupství ("Vescovado"), kde je  místnost "Sál zřeknutí". Podle tradice se právě zde mladý František svlékl před biskupem Guidem ze svých šatů a zřekl se rodinného jmění. V tomto paláci také František usmířil biskupa Guida se starostou Assisi.

Katedrála San Rufino

Kaple San Francesco Piccolino

se nachází v místech rodného domu sv. Františka. Ten již dnes samozřejmě vypadá úplně jinak než za dob sv. Františka. Písemné prameny dokládají existenci této kaple k 28. srpnu 1286. Má se za to, že mohla být vybudována v roce 1282 při příležitosti stého výročí Františkova narození.

Interiér kaple je nyní z přírodního kamene, gotická klenba připomíná klenbu v San Damiano nebo v kapli Porciunkula. Na několika místech jsou vidět stopy fresek z 13. a 14. století.

Na náměstí Piazza Comune nalezneme několik zejména antických památek. Jednou z nich je dnešní kostel Santa Maria sopra Minerva. Je to původně antický chrám bohyně Minervy. V roce 1539 byl chrám zasvěcen Panně Marii "nad Minervou". Interiér byl upraven v roce 1634 a poté ještě v 18. století.

Jedním ze starobylých kostelů v Assisi je také kostel San Pietro. Je to kostel benediktinského opatství, které tam již bylo za sv. Františka.

Kostel sv. Štěpána